Archiv shromažďuje a uchovává veškeré dokumenty vznikající z činnosti instituce. Obsahuje nálezové zprávy a hlášení o výzkumech již od roku 1953, dále kopie či přepisy většiny dokumentace z pracovní oblasti severočeských muzeí, včetně deníků, inventárních a přírůstkových knih, kartoték a další agendy.

Najdete zde také informace o nálezech z oblastí uložených mimo region. Dále jsou uloženy negativy i diapozitivy fotografické dokumentace z výzkumu i některých deponovaných předmětů. Samostatnou složkou je archiv leteckých snímků s příslušnou databází.